След приключването на Втората световна война съветските учени подновяват изследванията си. Настъпва смяна на терминологията: още в първите материали, публикувани по това време, изчезва терминът “метеорит” и на мястото му се появява “космическо тяло”.

Група учени поддържат концепцията за взривяването на комета над Тунгуската тайга. С тази разлика, че не опашката на кометата, а нейното ядро е експлодирало над тайгата. Други изследователи подкрепят хипотезата, че взривът в Тунгуска е имал ядрен характер. Те доразвиват тази своя теория с показания на очевидци, които твърдят, че след взрива се издигнал стълб от черен дим и паднал черен дъжд.

Атомният взрив се придружава от топлинна вълна. Това значи, че при взривът в тайгата температурата на въздуха трябва да се повишила с няколко хиляди градуса. В района, обхванат от катастрофата обаче, са намерени както изцяло изгорели дървета, така и дървета, недокоснати от огъня.

Експедиция от 1958 г. установява, че много растения от района на взрива показват генетични изменения. Дърветата, преживели взрива, имали обиколка четири пъти по-голяма и височина два пъти по-голяма от нормалните.

Други две хипотези предизвикват ожесточени спорове в научните среди. През 1941 г. професор Линкълн Ла Пас от Охайо предлага хипотеза, която обяснява взрива от 1908 г. с анихилация на материята. Според неговата хипотеза във Вселената може да съществува материя, изградена от атоми, в които електрическите частици да са обратни на “земните атоми”. Това означава ядрото да бъде заредено отрицателно, а обикалящите около него електрони – положително. Сблъсъкът на материята с антиматерия трябва да предизвика анихилация на двете, съпроводена от мощен взрив.

Втората хипотеза свързва взривът в Тунгуската тайга с т. нар. “черна дупка”. Това е предположение на професор Майкъл Райън от Тексас, който смята, че взривът от 1908 г. е бил предизвикан именно от “черна дупка”. “Черна дупка” с малки размери е пробила земята в района на Тунгуска, появила се е в северната част на Атлантическия океан и е продължила пътя си в пространството.

 И двете хипотези били отхвърлени от съветските учени.